2021年3月，傳出日本LINE公司委託之中國大陸外包業者工程師得近用保管於日本伺服器中的用戶個人資料，例如姓名及電話號碼等，且LINE針對將日本用戶照片、影片、相簿及LINE Pay交易情形等資料託管於韓國資料中心一事，亦未充分說明，從而引發日本大眾對資料安全的疑慮，部分中央及地方政府機關亦暫停透過LINE進行的行政服務。

對此，LINE內部設立調查委員會，並於2021年10月18日發表最終調查報告。該報告指出，LINE未充分考慮經濟安全，同時對用戶個資使用說明不夠明確，且對政府說明「資料流通僅限於國內」與實際情形不符。為防止類似事件發生，調查委員會提出以下改正措施：

一、 公司集團內部以LINE為首的主要公司，應設立經濟安全和隱私保護負責人，以建立互相監督機制；

二、 母公司應設置包含服務使用者在內的專家會議，以充分反映第三方意見。

此外，LINE已收回中國大陸外包業者工程師對日本用戶個人資料的取得權限，並結束部分委託業務；針對資料存放於韓國的問題，LINE擬於2024年底前將相關資料移轉回日本。