日本頻譜使用費制度旨在讓頻譜使用者公平負擔總務省為確保全體頻譜使用不受干擾等目的而執行相關行政業務（即頻譜使用共益業務）所產生之費用，相關法規內容則規定於日本《電波法》（昭和25年法律第131號）第103條之2第4項。隨著頻譜用途的擴大，預期頻率資源不足問題將愈加嚴重，未來該制度的角色日益重要。

總務省根據《電波法》第103條之3第3項規定，自2008年度起公告頻譜使用費業務實施及支出狀況。2019年度（2019年4月至2020年3月）實施及支出狀況於2021年1月15日公告，提供頻譜使用費繳納者了解相關情形。

2019年度頻譜使用共益業務支出額為642.6億日圓，用於擴大頻譜資源之研究開發（211億日圓）、建立與管理無線電臺資料庫（108.2億日圓）、支援無線電系統普及業務（104.8億日圓）、電波監測（81.8億日圓）、電波遮蔽對策業務（44億日圓）、頻譜使用費相關企劃及方案制定（34.6億日圓）、推動電波傳播觀測及分析等（14.2億日圓）、電波安全性相關調查及評價技術（12.9億日圓）、建構安心安全且適切使用IoT的環境（12.8億日圓）、透過標準電波向無線電臺提供高精度頻率（8億日圓）、為導入5G之頻譜使用狀況調查（5億日圓）及為適切使用IoT設備等頻譜使用系統之人才培育（3.1億日圓）。